Pour des chantiers importants et/ou sensibles, le suivi des mesures nécessaires à la protection de l'environnement est requis. Les volets suivants sont notamment concernés : eaux, sols, arbres et nature, qualité de l'air, lutte contre le bruit, gestion des déchets.

Le SER intervient également à différents niveaux (encadrement, conception, DLT) pour la mise en oeuvre des mesures de minimisation et de compensation intégrées aux projets.